В далеком будущем, человечество бежит в космос от инопланетной угрозы, Гауна. На гигантском корабле Сидония, Нагате Таникадзэ учится быть пилотом стражем, чтобы защитить последние остатки человечества. Внутри технологически продвинутого мира, окруженного постоянной опасностью, он и его товарищи сталкиваются с моральными дилеммами и загадками своего происхождения. Судьба Сидонии висит на волоске, и Нагате - надежда человечества в этой эпической битве за выживание. Аниме, сочетающее в себе захватывающий экшен и глубокую драму, ставит вопросы о природе человечности и будущем.